Может ли работодатель запретить выплату переработанных часов?...

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Согласно абзацу 1 статьи 99 ТК РФ сверхурочной является работа, выполняемая по инициативе работодателя за пределами установленной для работника продолжительности рабочего времени, т.е. за пределами ежедневной работы (смены), а в отношении работников, которым установлен суммированный учет рабочего времени, - сверх нормального числа рабочих часов за учетный период.

Не признаётся сверхурочной работа за пределами установленной продолжительности рабочего времени, если работник работает на условиях ненормированного рабочего дня (согласно статье 97 ТК РФ).

Если сотрудник задерживается на работе по собственной инициативе, то такую работу не считают сверхурочной (см. Письмо Роструда от 18.03.2008 № 658-6-0).

Приказ о сверхурочной работе, а также письменное согласие сотрудника являются необходимыми первичными документами для учета расходов на оплату сверхурочной работы. В приказе должны быть названы причины возникновения необходимости в переработках, и обязательно перечислены привлекаемые работники. Кроме того, необходимо обеспечить точный учет продолжительности сверхурочной работы каждого сотрудника в "Табеле учета рабочего времени".

Таким образом, если факт переработки часов документально подтверждён, работодатель ОБЯЗАН произвести оплату за данные часы. Его отказ от такой оплаты можно квалифицировать как нарушение трудового законодательства.