Есть ли вычет или надо платить налог?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

если два договора и два свидетельства, то да каждому по 1000000

предоставляю выдержку из письма Минфина:Если у двух налогоплательщиков имеется по 1/2 доли в праве собственности на квартиру, принадлежащие им менее трех лет и на каждую долю оформлено свидетельство о государственной регистрации права собственности, то в случае продажи налогоплательщиками своих долей по договору купли-продажи, в котором каждый налогоплательщик выступает продавцом своей доли как самостоятельного объекта купли-продажи, имущественный налоговый вычет по доходам от такой продажи предоставляется каждому налогоплательщику в сумме, не превышающей 1 000 000 рублей.

таким образом, если у вас есть 2 свидетельства и в договоре вы каждый прописаны как продавцы своей доли, то каждый имеет право на вычет в размере 1 млн