Как должна оплачиваться переработка?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Либо в трудовом договоре, либо в правилах внутреннего трудового распорядка должен быть прописан учетный период, если учетный период равен году, то действительно переработка должна оплачиваться по окончании учетного периода, т.е. календарного года.