Исчисление налога на прибыль бюджетного учреждения при оказании образовательных услуг

Училище в 2008-2010 году оказывало образовательные услуги получая внебюджетные доходы. Смета доходов и расходов утверждается бюджетораспределителем. Расходы мы производили особо не разделяя по необходимости для обучающихся по бюджету и внебюджету так как тяжело отделять например расходы на ГСМ, коммунальные и другие прочие расходы на каждого обучающегося раздельно. в настоящее время прошла проверка налоговой инспекции и исчислило наль со всех средств потраченных на приобретение основных средств, производство капитального ремонта, обучение на семинарах педработников и переходные средства на следующий календарный год, не смотря на то, что приобретенные средства не используются отдельно для внебюджетной деятельности, все состоит на учете в Мин. имущественных отношений и используется для достижения уставных целей.

Могу ли я оспорить данное исчисление налога на прибыль, и если не смогу имею ли я право оплатить их с бюджетного финансирования, так как с 01.11.2011 училище стало казенным учреждением и все внебюджетные средства зачислены в бюджет?