имеет ли право организация вычитать с аренды авто налог на прибыль?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Видимо, имеется в виду налог на доходы физических лиц, а не налог на прибыль?

Если вопрос касается НДФЛ, то согласно ст.208 п.1 пп.4 доходы от сдачи в аренду имущества облагаются налогом. В соответствии со ст. 226 п.2 исчисление сумм и уплата налога производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент ( в данном случае ваша организация в отношении вас выступает налоговым агентом). Согласно п.4 ст. 226 Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

Таким образом, НДФЛ удерживают правомерно.