Когда выдается счет-фактура?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Счет-фактура выдается плательщиками НДС. Если контрагент не являет плательщиком НДС, счет-фактура не выставляется.

Согласно ст.168 п.3. НК при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.

После оплаченного счета и акта выполненных работ

Счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм налога к вычету в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ .

То есть она выдается после выполнения работ для подтверждения их принятия заказчиком, а вот когда должна производится оплата - решается сторонами договора.