В Постановлении Арбитражного суда Московского округа по делу № А40-54040/13 поддержана позиция Федеральной налоговой службы России по спору относительно ограничения проверяемого периода тремя годами. Налоговая служба считает, что при проверке данных, указанных налогоплательщиком в уточняющей налоговой декларации, проверяющие не ограничены трехлетним сроком и имеют полное право провести повторную проверку периода, указанного в уточненной налоговой декларации.
Спор возник по вопросу проверки, запланированной ФНС в отношении коммерческой организации из Москвы. Компания представила в ФНС уточняющие налоговые декларации за июнь, август и декабрь 2009 года, которыми уменьшила ранее начисленные суммы налога. Налоговый орган захотел проверить правильность исчисления налога согласно уточняющим декларациям и направил в адрес организации уведомление о проведении проверки за указанный в них период. Однако организация сослалась на отсутствие у налоговой инспекции оснований для проведения повторной выездной налоговой проверки в связи с истечением трехлетнего ограничительного периода с 2009 года, предусмотренного пунктом 10 статьи 89 НК РФ и обратилась в суд.
Однако суд принял во внимание норму, предусмотренную абзацем 6 пункта 10 статьи 89 НК РФ, который гласит, что повторная выездная налоговая проверка в отношении налогоплательщика может быть проведена органом ФНС, ранее проводившим проверку налогоплательщика, в случае представления им уточненной налоговой декларации, в которой уменьшена сумма ранее начисленного налога. Основанием для проверки служит решение руководителя или его заместителя территориального органа ФНС. В рамках такой повторной выездной налоговой
проверки может быть проверен период, за который была представлена уточненная налоговая декларация.