Законны ли проблемы с регистрацией дома в собственность?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Действия регистрирующего органа и иных служб правомерны, поскольку второй этаж это уже самовольное строение, которое подлежит сносу. Если Вы не намерены сносить второй этаж, которого в проекте нет, тогда Вам необходимо узаконить его строительство в судебном порядке. Желаю удачи !