Можно ли заключать договор на ОКР - без НДС?

У организации заключен госконтракт на выполнение ОКР, финансирование осуществляется за счет средств федерального бюджета. Одно из условий контракта звучит так: «исполнитель вправе привлекать к выполнению контракта соисполнителей (перечень соисполнителей указан в ТЗ)». В ТЗ в настоящее время вписаны 2 основных крупных соисполнителя, однако в процессе выполнения работ возникает необходимость привлечения дополнительных организаций. Есть ли обязанность включать все привлекаемые организации в ТЗ? Могут ли возникнуть проблемы у нашей организации при включении сумм по договорам с организациями, не включенными в ТЗ, в затраты по госконтракту? Может ли это быть рассмотрено проверяющими Рособоронзаказа как нецелевое использование средств и если организация включена в контракт как соисполнитель, то с ней можно заключить договор на ОКР в рамках госконтракта без НДС по пп 16 п 3 статьи 149 НК РФ, а если организация не включена в госконтракт как соисполнитель, можно ли заключить с ней договор на ОКР (изготовление оснастки, изготовление комплектующих) без НДС по пп.16.1 п. 3 статьи 149 НК РФ? В данном случае уведомление об участии в качестве соисполнителя и бюджетном финансировании данных работ направляться в их адрес не будет. Как правильно оформить ОКР, чтобы они могли подтвердить применение пп 16.1 п. 3 ст. 149 НК РФ?

Данный вопрос возникает, так как при предыдущих проверках использования бюджетных средств было сделано замечание, что организация не прописывала изготовителей оснастки в качестве соисполнителей, заказывала оснастку с НДС, и включала НДС в стоимость работ. Это было расценено как неэффективное использование средств (в части НДС).

Вопрос относится к городу Казань