Какую отчётность и куда должен сдавать филиал?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Если уставом закреплено, что филиал на выделеном балансе, и на него возложена обязанность по уплате налогов и сборов, то соответственно в свою налоговую он сдает все декларации, в соответствии со своим налогообложением, становится на учет в ПФР и ФСС и сдает им расчеты. Соответственно и платить налоги нужно по месту. Лучше обратиться в свой ПФР, ФСС и ИФНС по месту нахождения вашего подразделения.