Как быть, если ИП хочет взыскать недоимку с бухгалтера?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Начнем с того, что если Вы работали у ИП по трудовому договору, то и ответственность Вы могли нести как работник, т.е. согласно норм ТК, ст. 1064 ГК относится к граждаским правоотношениям, а не трудовым. Потом, если говорить о самой статье 1064 ГК, то в ее диспозиции указано о причинени вреда ИМУЩЕСТВУ гражданина или юр.лица. Про статус ИП ни слова, да и о каком имуществе судя по Вашему описанию может идти речь? Если предположить что Вы виноваты в привлечении указаного ИП к налоговой ответственности, то статью 1064 ГК все равно не применить тут. Если таки он (ИП) пойдет в суд по указанной статье проигрыш ему, думаю, гарантирован.

Работодатель обязан при проведении ревизии соблюдать требования статьи 248 ТК РФ.

Взыскание с виновного работника суммы причиненного ущерба, не превышающей среднего месячного заработка, производится по распоряжению работодателя. Распоряжение может быть сделано не позднее одного месяца со дня окончательного установления работодателем размера причиненного работником ущерба.

Если месячный срок истек или работник не согласен добровольно возместить причиненный работодателю ущерб, а сумма причиненного ущерба, подлежащая взысканию с работника, превышает его средний месячный заработок, то взыскание может осуществляться только судом.

При несоблюдении работодателем установленного порядка взыскания ущерба работник имеет право обжаловать действия работодателя в суд.