Как будет работать амнистия при наличии двух статей?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Содержание постановления ГосДумы об амнистии в 2013 г - http://www.rg.ru/2013/12/18/amnistia-dok.html

Постановление об амнистии не применяется в отношении осужденных по совокупности преступлений, если на одно из преступлений согласно Постановлению амнистия не распространяется.

Нет, срок не уменьшится.

Целесообразно ждать УДО, важны положительная характеристика, поощрения, погашение взысканий, гарантийное письмо от работодателя.