Работодатель вправе не принимать медзаключение из сторонней организации?
Если коротко: да.
Работодатель в силу закона обязан обеспечить проведение обязательных медосмотров.
Делает он это за счёт собственных средств.
Медицинскую организацию для прохождения обязательных медосмотров работодатель определяет сам, заключая договор с мед организацией.
Сотруднику под подпись выдаётся направление на медицинский осмотр и он должен пройти его в том мед учреждении, что указано в направлении.
Если сотрудник проигнорировал направление с указанной в нём мед организацией и прошёл его в другом месте, то результаты такого осмотра работодатель может не принять во внимание и не допускать сотрудника до работы.
Источник: п. 9, п. 19, п. 25 Порядка проведения обязательных медосмотров.