Работодатель вправе не принимать медзаключение из сторонней организации?

Если коротко: да.

Работодатель в силу закона обязан обеспечить проведение обязательных медосмотров.

Делает он это за счёт собственных средств.

Медицинскую организацию для прохождения обязательных медосмотров работодатель определяет сам, заключая договор с мед организацией.

Сотруднику под подпись выдаётся направление на медицинский осмотр и он должен пройти его в том мед учреждении, что указано в направлении.

Если сотрудник проигнорировал направление с указанной в нём мед организацией и прошёл его в другом месте, то результаты такого осмотра работодатель может не принять во внимание и не допускать сотрудника до работы.

Источник: п. 9, п. 19, п. 25 Порядка проведения обязательных медосмотров.

Закончила Московский государственный открытый университет ( в настоящее время — Гуманитарно-экономический институт имени B. C. Черномырдина). Больше десяти лет курирует проекты кадрового аутсорсинга и кадрового аудита в одном из московских агентств.