НДС по 159-ФЗ и ст.146 НК РФ после 01.04.2011года

Добрый день. Юр. лицо покупает муниципальное имущество с рассрочкой платежа по 159-ФЗ от 22.07.2008. Договор заключен в 2012 году и по п.п. 12 п. 2 ст. 146 НК РФ не является объектом налогообложения НДС. Но в договоре купли-продажи сказано: "Цена договора включает в себя стоимость имущества, равную его рыночной стоимости, в размере 3 330 000 рублей, в том числе НДС 503 390 рублей. Покупатель обязан оплатить НДС отдельным платежным документом." Эту формулировку продавец имущества не смог написать иначе т.к. весь текст договора прописан в решении суда ( мы судились с ними по цене ). Естественно продавец просил разъяснить решение суда т.к. судится начинали в 2009 году и тогда НДС покупатель платил и даже его (НДС) начисляли сверху выкупной цены. Суд ответил, что не будет ничего разъяснять т.к. всем все должно быть понятным. И теперь вопрос: "Платить всю сумму продавцу или удержать НДС, дословно следуя договору, и согласно 146 статьи НК оставить его у себя?"