Как мне самостоятельно уплатить НДФЛ?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Юридическое лицо не вправе отказываться становиться налоговым агентом. В п.1 статье 226 НК РФ  четко прописано, что российская организация обязана являться налоговым агентом. А значит налоговый агент обязан удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате согласно п. 4 ст. 226 НК РФ.

Самостоятельно исчислить НДФЛ Вы в таком случае не можете, поскольку в силу п. 1 ст. 228 НК РФ  исчисление и уплату НДФЛ физические лица производят исходя из сумм вознаграждений, полученных от физических лиц и организаций, НЕ ЯВЛЯЮЩИХСЯ налоговыми агентами, на основе заключенных трудовых договоров и договоров гражданско-правового характера, включая доходы по договорам найма или договорам аренды любого имущества.

Отказ ЮЛ незаконен. Требуйте чтобы они исполняли обязательства налогового агента.

Для собственной безопасности вы можете подать декларацию о доходах в которой указать доходы от сдачи помещения.

Обратитесь в налоговую инспекцию вашего района за консультацией, как платить налог в данном случае. Вам не обязательно указывать наименование вашего арендатора в ней.