Обоснование простое. В пункте 2 статьи 169 НК РФ сказано, что счета-фактуры являются основанием для применения вычета по НДС, если при их составлении были выполнены требования пунктов 5, 5.1 и 6 этой статьи. При этом ни в данной норме, ни в других нормах главы 21 НК РФ не установлено запрета на указание в счетах-фактурах дополнительных реквизитов.
Напомним, что недавно специалисты ФНС применили аналогичный подход для обоснования возможности введения дополнительных реквизитов в новую форму счета-фактуры (см. письмо от 26.01.12 № ЕД-4-3/1193 ).
Обратите внимание: наглядную инструкцию по заполнению новой формы счета-фактуры можно посмотреть здесь. А чтобы решить проблему с переводом счетов-фактур, созданных во внутренних системах учета, из старой формы в новую, можно воспользоваться специальной бесплатной программой.