Кому в первую очередь, отправляется претензия по недостаче?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Поставка товаров осуществляется поставщиком путем отгрузки (передачи) товаров покупателю, являющемуся стороной договора поставки, или лицу, указанному в договоре в качестве получателя.

Доставка товаров осуществляется поставщиком путем отгрузки их транспортом, предусмотренным договором поставки, и на определенных в договоре условиях.

Поставщик, допустивший недопоставку товаров в отдельном периоде поставки, обязан восполнить недопоставленное количество товаров в следующем периоде (периодах) в пределах срока действия договора поставки, если иное не предусмотрено договором.

Рекомендация эксперта
Надо внимательно посмотреть свой договор. Возможно там есть что-нибудь конкретное по доставке. В данном случае надо смотреть накладные: если получено то что отправлено - значит поставщику, если меньше, то вопросы к транспортникам. Т.е. вопрос не кто 1 и 2, или 1, или 2.