В письме ФНС России от 07.04.15 № БС-4-11/5717 налоговая служба разъяснила порядок уплаты НДФЛ филиалами и обособленными подразделениями.
В соответствии с нормами статьи 226 Налогового кодекса РФ, если у организации есть обособленные подразделения, она должна перечислять удержанные с работников суммы НДФЛ как по месту нахождения головной организации, так и по месту нахождения обособленных подразделений. При этом территориальное разделение платежей происходит исходя из фактически удержанных сумм НДФЛ на каждом подразделении - за работников филиала платят в его месте расположения, а за работников головной организации в ее месте расположения.
Однако уплата НДФЛ не по месту нахождения обособленного подразделения, а по месту нахождения головной организации не приводит к нарушению сроков уплаты налога. Ведь статья 75 Налогового кодекса РФ не содержит положений, определяющих зависимость начисления пеней от порядка распределения сумм налогов между бюджетами разных уровней. Кроме того, судебная практика, сложившаяся к настоящему времени в арбитражных судах всех уровней, свидетельствует о том, что суды не считают нарушением изменение территориального признака при уплате налогов головными организациями за филиалы. Арбитры судов разных регионов сходятся во мнении, что начисление пеней оправдано только тогда, когда у налогоплательщика возникает реальная задолженность перед бюджетом. А факт, того, что налог поступил в один муниципальный бюджет вместо другого говорит только о нарушении порядка его уплаты. И начисление пени за такое нарушение Налоговый кодекс не предусматривает.