Организация обратилась в арбитражный суд с требованием отменить решение ФНС о назначении повторной выездной проверки, выходящей за рамки трех лет, с даты вынесения решения, считая, что это противоречит требованиям абзаца 3 пункта 10 статьи 89 Налогового кодекса РФ. Проверка была назначена повторно, после подачи в территориальную ФНС уточненной декларации с суммой налога к уменьшению за три месяца, охватывающих спорный период.
Суды всех инстанций, включая ВС РФ, отказали организации в удовлетворении исковых требований и не отменили решение ФНС о повторной проверке. Верховный суд РФ в определении от 05.03.15 № 305-КГ15-606 указал, что пункт 10 статьи 89 НК РФ позволяет, в случае если налогоплательщиком была подана уточненная налоговая декларация, с суммой налога, меньшей, чем заявленная ранее, провести повторную проверку налоговых периодов. В рамках такой повторной проверки должен быть проверен именно тот период, за который была представлена уточненная декларация. Так как, налогоплательщик имеет полное право подавать уточненную налоговую декларацию за период, находящийся за пределами трех лет, то и ограничение проверяемого периода тремя годами не может распространяться на проверки поданных уточненных деклараций за более ранние периоды. Кроме того, исчисление проверяемого периода ведется не от даты вручения решения о проверке налогоплательщику, а от даты принятия его налоговым органом.
Ранее аналогичную позицию по вопросу повторных налоговых проверок при подаче уточненной декларации с суммой налога к уменьшению, в письме от 19.04.13 № 03-02-07/1/13473 высказывал Минфин России.