Вместе с тем, ВАС России, разъясняя в Постановлении Пленума от 25.01.2013 года №11 вопросы исчисления и перечисления НДС в рамках пункта 4.1 статьи 161 НК РФ, указал на то, что при перечислении налоговым агентом НДС в бюджет происходит нарушение требований законодательства о банкротстве, поскольку часть имущества, принадлежащего банкроту, не поступает в состав конкурсной массы.
Однако Минфин России в Письме от 21.08.2013 года № 03-07-11/34210 указал на то, что положения пункта 4.1 статьи 161 НК РФ подлежат неукоснительному исполнению: налоговый агент обязан перечислить НДС в бюджет…
В итоге, налоговые агенты оказались перед непростым выбором: удерживать или не удерживать НДС?
И вот первые споры по данному вопросу дошли до арбитражных судов. ФАС СЗО в Постановлении от 28.02.2014 года по делу №А26-3134/2013, поддержал налогового агента, который руководствуясь мнением ВАС России, перечислил НДС не в бюджет, а в состав конкурсной массы, за что был лишён налоговым органом соответствующего налогового вычета. ФАС СЗО признал действия налогового агента абсолютно правомерными: НДС удержанию не подлежит и может быть заявлен к возмещению из бюджета в общеустановленном порядке…