Обоснование следующее. Порядок подписания счетов-фактур установлен пунктом 6 статьи 169 НК РФ. В этой норме, в частности, сказано, что счет-фактура, выставленный на бумажном носителе, подписывается индивидуальным предпринимателем с указанием реквизитов свидетельства о его государственной регистрации. Как видно, никакой возможно доверить право подписи счета-фактуры работнику не предусмотрено.
Напомним, что счета-фактуры в электронной форме подписываются ЭЦП предпринимателя. Про другие правила заполнения счетов-фактур см. в статье «Инструкция по заполнению счетов-фактур».